全自動次氯酸鈉發生器是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧[O]，新生態氧的*氧化性使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，次氯酸鈉發生器從而致死病源微生物。
全自動次氯酸鈉發生器的基本操作過程：
工作時，先接通電源，全自動次氯酸鈉發生器將普通工業用鹽(每公斤0.35元左右)加入化鹽裝置溶解成10%左右的鹽水，打開閥門讓鹽水通過過濾沉淀進入儲鹽液箱；然后，啟動自配水開關，設備自動勾配鹽水到濃度為3.5%左右的稀鹽水；再打開閥門調節好流量計，讓經配兌好的鹽水按設定流量通過一組陰陽極管組成的夾層式電解槽；，啟動整流電流開關，同時打開冷卻水閥門以冷卻電解槽，次氯酸鈉發生器開始工作。這樣，整個設備就生產出了的次氯酸鈉發生器液體(濃度為1%左右)；藥液自動流入儲藥液箱，便于儲藏備用和隨時投加。
反沖洗：每班運行完畢，必須反沖洗一次，反沖洗時先打開放空閥，把結存在管道中的鹽水排掉，然后打開反沖洗放空和反沖洗進水處來水閥，沖洗10分鐘左右，然后把放空閥門找開排掉積水，待下次便用。
酸洗：發生器累計運行250小時需酸洗一次，根據水質情況相應延長或縮短酸洗周期，酸洗時，先打開所有排空閥門，把管道中的積存鹽水排掉，然后打開進酸閥門和出酸閥門，直到出酸放空管有機管流出酸水后，關閉進酸閥門，待酸水在電極管中浸泡1—2小時后再把酸水排掉，然后再反沖洗一次，一般調配濃度為10%左右。
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